A függetlenség előírása mellett a kormánnyal is számos területen van együttműködési kötelezettsége az MNB-nek. A jegybanktörvény értelmében az MNB feladataival, a pénzügyi rendszer működésével kapcsolatos döntések és jogszabályok tervezeteire nézve ki kell kérni az MNB véleményét, a pénzügyminiszternek előzetesen tájékoztatnia kell a bankot a költségvetési javaslatról, amellyel kapcsolatos véleményét jogosult a kormánynak megküldeni, illetve az Országgyűlés illetékes bizottságának kifejteni. Ezen túl a monetáris tanács napirendjét is meg kell küldeni a kormánynak, amelynek ülésén az MNB-t érintő témáknál a jegybank elnöke jelen lehet, ugyanakkor a kormány képviselője pedig részt vehet a Monetáris Tanács ülésein.
További együttműködési terület az MNB és az államigazgatás között, hogy a jegybank vezeti a kincstári egységes számlát, továbbá a pénzügyminiszter által kijelölt egyéb állami számlákat.
A fentieken túl törvényi együttműködési kötelezettsége van az MNB-nek az Országgyűléssel, hiszen a jegybank elnökének évente be kell számolnia a monetáris politikáról. Az MNB természetesen szoros kapcsolatot ápol az Állami Számvevőszékkel is, hiszen az ÁSZ a legalapvetőbb ellenőrző szerve.
A pénzügyi stabilitással megteremtéséért és fenntartásáért felelős legfontosabb magyarországi szervezetek a Nemzetgazdasági Minisztérium (NGM) és a Magyar Nemzeti Bank. Ennek megfelelően a jegybank hazai együttműködése alapvetően az NGM-mel való szoros kapcsolattartást és információcserét jelenti. Ezen együttműködés fontos sarokköve a Pénzügyi Stabilitási Tanács. A Pénzügyi Stabilitási Tanács feladata a pénzügyi közvetítőrendszer stabilitásának biztosítása, a szektor hatékony mikro- és makroszintű prudenciális felügyeletének, ellenőrzésének, szabályozásának koordinációja.
Az MNB a Nemzetgazdasági Minisztériummal a jogszabályalkotás területén működik együtt legszorosabban. A jegybank aktívan részt vesz a pénzügyi közvetítőrendszer – intézmények és piacok – szabályzáspolitikai koncepciójának kialakításában, elemzi a jegybanki intézkedéseknek és külső szabályozói változásoknak a pénzügyi intézmények tevékenységére gyakorolt hatását
A hatóságokon, állami szervezeteken túl az MNB szoros kapcsolatot ápol a hazai pénzügyi intézményekkel (elsősorban a pénzügyi intézményrendszerben betöltött kiemelkedő szerepük miatt a hitelintézetekkel) és szervezeteikkel, valamint a pénzügyi infrastruktúrát működtető szervezetekkel.
A szakmai szövetségek közül – jelentőségükre tekintettel – ki kell emelni a Magyar Bankszövetséget, a Magyar Lízingszövetséget, az Országos Takarékszövetkezeti Szövetséget, a Befektetési Alapkezelők és Vagyonkezelők Magyarországi Szövetségét, a Befektetési Szolgáltatók Szövetségét, a Magyar Biztosítók Szövetségét. E partneri viszonyok együttműködési megállapodásokban is tükröződnek: A Magyar Bankszövetséggel a HunOR Magyar Működési Kockázati Adatbázis kapcsán 2008 júniusában kötött együttműködési megállapodást a Magyar Nemzeti Bank. Az MNB és a Magyar Lízingszövetség 2008. május 15-én együttműködési megállapodást kötött, amelynek keretében kölcsönösen szakmai információkkal látják el egymást a magyar gazdaságra és a lízingpiacra vonatkozóan, együttműködnek a lízingpiacot érintő kérdésekben, és a magyar pénzügyi kultúra színvonalának emelése érdekében.
Az MNB a stabilitási feladatainak ellátása érdekében a pénzügyi infrastruktúrát üzemeltető vállalatok vezetésében (igazgatóság, felügyelő bizottság) közvetlenül is közreműködik, így a Központi Elszámolóház és Értéktár Zrt.-ben és a GIRO Zrt.-ben. Ezen kívül a pénzügyi intézményrendszer stabilitásának fenntartásában betöltött szerepük miatt az MNB szoros kapcsolatot ápol az Országos Betétbiztosítási Alappal (az igazgatóság tagja az MNB alelnöke) és a Befektető-védelmi Alappal is.